Madrasah Aliyah Negeri Malang I lahir berdasarkan SK Menteri Agama No. 17 Tahun 1978, yang merupakan alih fungsi dari PGAN 6 Tahun Puteri Malang. Pengalih fungsian PGAN 6 Tahun Puteri menjadi dua madrasah, yaitu MTsN Malang II (saat ini berada di  Jl. Cemorokandang 77 Malang) dan MAN 1 Kota Malang.

MAN 1 Kota Malang sejak masih berstatus PGAN 6 Tahun Puteri menempati gedung milik Lembaga Pendidikan Maarif di Jalan MT. Haryono 139 Malang dengan hak sewa sampai akhir Desember 1988. Kemudian pada tanggal 2 Januari 1989, MAN 1 Kota Malang pindah ke lokasi baru yang berstatus milik sendiri di Jalan Simpang Tlogomas I/40 Malang. Di tempat terakhir inilah, yang saat ini berubah nama menjadi  Jalan Raya Tlogomas No. 21 Malang, MAN 1 Kota Malang berkembang sampai saat ini.